Coronavirus (SARS-CoV-2) nyhetstråd

[Ulltand]

Skojar du? Att hans matematiska modeller ger felaktiga förutsägelser är alltså en produkt av att indata är fel?

Ja så är det. Indata är R-talet och vilken immunitet en infektion skapar samt begynnelsetillståndet. Känner man dessa är det rätt enkelt att räkna ut hur pandemin kommer att se ut i ett område.

R-talet och graden av immunitet kommer så klart från epidemiologiska studier och är indata som en matematiker så klart inte hittar på själv.

Nu var R-talet betydligt lägre än vad tex FHM antagit så det blev ingen flockimmunitet.

 

[elpaco]

Ja så är det. Indata är R-talet och vilken immunitet en infektion skapar samt begynnelsetillståndet. Känner man dessa är det rätt enkelt att räkna ut hur pandemin kommer att se ut i ett område.

R-talet och graden av immunitet kommer så klart från epidemiologiska studier och är indata som en matematiker så klart inte hittar på själv.

Nu var R-talet betydligt lägre än vad tex FHM antagit så det blev ingen flockimmunitet.

Nej du har fel. R är aldrig indata. R räknas ut från indata. En epidemiolog måste värdera dels sin modell, men även sin data. Ännu en anledning till att en matematiker inte skall arbeta självständigt med detta, eller ges plats i sofforna.

 

[blackarrow]

R-talet och graden av immunitet kommer så klart från epidemiologiska studier och är indata som en matematiker så klart inte hittar på själv.

Det behövs inga epidemiologiska studier. Man behöver en matematisk modell och statistik.
Modellen med exponentiell tillväxt och R-tal är tämligen ”erkänd” även om den stämmer dåligt med hur smittspridning går till i verkligheten.

Med statistik från två olika tidpunkter, så kan man räkna ut både R-tal och göra prognoser för framtiden. Jag har provat själv. Friserar man data lite lagom kan man hamna ganska rätt.

Problemet är om indata inte är representativt för det man vill göra en prognos för och om modellen dessutom inte stämmer.

Var tror du Our World of Datas R-tal för olika länder kommer ifrån? Epidemiologiska studier?

 

[Nissens]

Ursäkta men det var blad det dummaste inlägg jag läst här.

Tycker du inte att det är hemskt att det dör folk i covid19?

Att det kommer en underdödlighet efter en överdödlighet är närmast ett givet faktum.

Men det kommer ta flera år innan underdödligheten har nått samma nivå som överdödligheten.

Och det betyder inte att vi vunnit något då. Ackumulerat är varje dödsfall förlorade levnadsår. Detta kan aldrig kompenseras över tid.

Kan du förklara varför det är värre att dö av Covid-19 än något annat?
Många har dött med Covid-19, men av något annat.

 

[blackarrow]

Vilken strategi har man då haft I Congo eller Angola?
Du har inte med Sverige i jämförelsen?

Med 13 flygplatser och drygt 200’000 flyktingar från grannländerna så är det inte självklart att Congo ska klara sig så bra. De flesta flygplatser har bara 1-2 destinationer.
Importsmitta pga arbetspendling till grannländer och besök till sina släktingar i sina hemländer är nog försumbar.
Hur hanterar man andra virus? Det dör drygt 20’000 per år i HIV/Aids i landet.

Pandemin då?
Ca 50% av befolkningen är barn.
ca 6% av befolkningen är över 55 år.
De har Lockdown mot omvärlden men man håller igång sin exportindustri. Vi behöver ju tantal och kobolt.

 

[blackarrow]

0,1 sekund av spike-proteinets öppningsattack simulerat.
Folding@home började med ett projekt som analyserade sars-cov-2 virusets proteiner. Folk bidrog med beräkningskapacitet så det gick så fort att man ett tag fick slut på ”arbetspaket” att dela ut.

Folding@home exascale supercomputer finds potential targets for COVID-19 cure, Networkworld

One million volunteers and more than 2.5 exaFLOPS later, the group behind the crowdsourced distributed-computing project says it has found possible targets for stopping the SARS-CoV-2 virus.

The spike must open to attach itself to a human cell to infiltrate and replicate. F@h's mission was to simulate this opening process to gain unique insight into what the open state looks like and find a way to inhibit the connection between the spike and human cells.
And it did so. In a newly published paper, the Folding@home team said it was able to simulate an "unprecedented" 0.1 seconds of the viral proteome. They captured dramatic opening of the spike complex, as well as shape-shifting in other proteins that revealed more than 50 "cryptic" pockets that expand targeting options for the design of antivirals

.
SARS-CoV-2 Simulations Go Exascale to Capture Spike Opening and Reveal Cryptic Pockets Across the Proteome, BioRxiv

Abstract
SARS-CoV-2 has intricate mechanisms for initiating infection, immune evasion/suppression, and replication, which depend on the structure and dynamics of its constituent proteins. Many protein structures have been solved, but far less is known about their relevant conformational changes. To address this challenge, over a million citizen scientists banded together through the Folding@home distributed computing project to create the first exascale computer and simulate an unprecedented 0.1 seconds of the viral proteome. Our simulations capture dramatic opening of the apo Spike complex, far beyond that seen experimentally, which explains and successfully predicts the existence of ‘cryptic’ epitopes.
Different Spike homologues modulate the probabilities of open versus closed structures, balancing receptor binding and immune evasion. We also observe dramatic conformational changes across the proteome, which reveal over 50 ‘cryptic’ pockets that expand targeting options for the design of antivirals. All data and models are freely available online, providing a quantitative structural atlas.

 

[Ulltand]

Med 13 flygplatser och drygt 200’000 flyktingar från grannländerna så är det inte självklart att Congo ska klara sig så bra. De flesta flygplatser har bara 1-2 destinationer.
Importsmitta pga arbetspendling till grannländer och besök till sina släktingar i sina hemländer är nog försumbar.
Hur hanterar man andra virus? Det dör drygt 20’000 per år i HIV/Aids i landet.

Pandemin då?
Ca 50% av befolkningen är barn.
ca 6% av befolkningen är över 55 år.
De har Lockdown mot omvärlden men man håller igång sin exportindustri. Vi behöver ju tantal och kobolt.
[bild]

Det har väl varit den stora frågan sedan pandemins början. Varför drabbas Afrika så lindrigt? Som jag uppfattar det är en huvudorsak den låga genomsnittsåldern. Klimatet är bra för att smittan ska ha det svårt och kanske att det finns en genetisk orsak också. Neandertalvarianten med G allele i rs10774671 är vanlig i Afrika även om det är oklart om den ger samma goda skydd där com här.

 

[Ulltand]

Nej du har fel. R är aldrig indata. R räknas ut från indata. En epidemiolog måste värdera dels sin modell, men även sin data. Ännu en anledning till att en matematiker inte skall arbeta självständigt med detta, eller ges plats i sofforna.

Nu arbetade han inte ensam med detta utan tillsammans med FHM

Indata från FHM gav då tyvärr en prognos som inte stämde alls.

 

[Ulltand]

. Varför är det värre att folk nu dör i covid än att de dör i influensa alla andra år? Många hade gått bort i influensa och annat under kvartal 1 om inte covid hade kommit.

Mycket förvånad över att du fortsatt har svårt att skilja på allvarlighetsgraden mellan Covid och influensa.

Vad man dör av torde sakna betydelse för den som gör det. Poängen är så klart att en himla massa dödsfall i Covid19 i Sverige varit onödiga.

Och apropå helhetsperspektiv så måste jag påminna dig om allt annat lidande som Covid19 skapat. Långtidssjuka utan prognos, barn som mist en förälder, respiratorvårdade med svåra organskador, en enorm vårdskuld, senare diagnostiserad cancer pga bristande vårdresurser osv.

 

[El-Löken66]

Mycket förvånad över att du fortsatt har svårt att skilja på allvarlighetsgraden mellan Covid och influensa.

Vad man dör av torde sakna betydelse för den som gör det. Poängen är så klart att en himla massa dödsfall i Covid19 i Sverige varit onödiga.

Och apropå helhetsperspektiv så måste jag påminna dig om allt annat lidande som Covid19 skapat. Långtidssjuka utan prognos, barn som mist en förälder, respiratorvårdade med svåra organskador, en enorm vårdskuld, senare diagnostiserad cancer pga bristande vårdresurser osv.

Vad ska vi göra åt detta?
Vad ska vi göra åt säsongsinfluensorna?

 

[BirgitS]

Mycket förvånad över att du fortsatt har svårt att skilja på allvarlighetsgraden mellan Covid och influensa.

Vad man dör av torde sakna betydelse för den som gör det. Poängen är så klart att en himla massa dödsfall i Covid19 i Sverige varit onödiga.

Och apropå helhetsperspektiv så måste jag påminna dig om allt annat lidande som Covid19 skapat. Långtidssjuka utan prognos, barn som mist en förälder, respiratorvårdade med svåra organskador, en enorm vårdskuld, senare diagnostiserad cancer pga bristande vårdresurser osv.

Men nu pratar du ju om något helt annat än vad mitt inlägg handlade om.

Anser du att det kan vara bra att veta att under de senaste två månaderna har det avlidit färre än normalt eller inte?
Det var just att det råder underdödlighet som mitt inlägg tog upp, inget annat. Ska du svara på det så håll dig till det i stället för att försöka vrida det till något helt annat än vad jag har skrivit.

 

[Ulltand]

Men nu pratar du ju om något helt annat än vad mitt inlägg handlade om.

Anser du att det kan vara bra att veta att under de senaste två månaderna har det avlidit färre än normalt eller inte?
Det var just att det råder underdödlighet som mitt inlägg tog upp, inget annat. Ska du svara på det så håll dig till det i stället för att försöka vrida det till något helt annat än vad jag har skrivit.

Jag kommenterar precis vad du skrivit och använder citatfunktionen. Underdödligheten är vidare en konsekvens av att så många äldre nu avlidit av covid19. Genomsnittsåldern har sjunkit och de svagaste har gått bort i förtid

 

[Ulltand]

Vad ska vi göra åt detta?
Vad ska vi göra åt säsongsinfluensorna?

Det alla försöker (med skiftande resultat) sk coronastrategier.

Influensorna försöker vi varje år att bekämpa med att hitta bra vaccin och få folk att ta dem. Är dock övertygad att vi kan gör mer även där.

 

[BirgitS]

Jag kommenterar precis vad du skrivit och använder citatfunktionen. Underdödligheten är vidare en konsekvens av att så många äldre nu avlidit av covid19. Genomsnittsåldern har sjunkit och de svagaste har gått bort i förtid

Det var inte fråga om ditt bruk av citatfunktionen utan att jag meddelar att det har varit underdödlighet och du börjar kalla det för det dummaste du har läst och frågar om det inte jag tycker att det är hemskt att folk dör. Vad har det med saken att göra?

Alla kanske inte är medvetna om att det har varit underdödlighet därför att de bara ser att det dör folk i covid och då är det väl bra att meddela det oavsett vad orsaken är och oavsett hur självklart just du tycker att det är.

 

[Ulltand]

Kinesisk vaccin inte lika bra som förväntat.

""En ny studie från Chile visar till exempel att en dos gav ungefär 3 procents skydd, och två doser 56 procent. Läkemedelsbolaget Sinopharm hävdar själva en effektivitet på 79 procent. Enligt studier från Hong Kong och Brasilien har Sinovac en effekt på omkring 50 procent bland människor mellan 18 och 60 år."" Aftonbladet