Fördelen med en lågt placerad och en högt är att det kommer automatiskt driva luftflödet, i alla fall om byggnaden är uppvärmd.
Men sätter du en fläkt så spelar detta ingen roll. Om det skulle användas som bostadsutrymme, typ, så skulle man gärna låta tilluften komma in ovanför (eller bakom, eller ev just under) en radiator, som då gör att den inströmmande luften blir varm. Det är inte skönt med kalldraget från en ventil om man ska befinna sig mitt i det. (Men det finns vissa lösningar här också, bl.a ventiler utformade som att tilluften sprids högt upp nära taket och hinner värmas en del innan den faller ner på folk som vistas där)
Men om nu detta är ett förråd, och inga planer på att det kan bli något annat, så är det mindre att bekymra sig om, och har du dessutom fläkt för frånluften, ... tja jag skulle bara välja placeringar så att luften tvingas färdas genom hela förrådet, och troligtvis skulle jag placera bägge högt.