Jag skulle riva bort allt, kolla att det betongrena är i nivå, så att du kan leva med ev mindre lutningar, annars jämna till med flytspackel ell. dylikt.
Sen primer, fix, plattor och fog. Tillverkaren har nog bra instruktioner för detta. Glöm inte handskar vid fogning.
Det betongrena för att inte bygga in sånt där som kan skapa mögel/problem senare. Fogarna kommer dessutom "andas" fukt.
Dit stora problem senare kommer vara att du får golvkallt då dessa klinkers kommer vara kalla. Att köra in en tunn elvärme under kommer nog bli en rel. dyr värmekälla, speciellt om du har vattenburet med någon typ av värmepump. Att dra vattenburen värme är en helt annan grej, sök på källarprojekt.
Om du kan leva med att ha tofflor eller inte är så frusen kommer du ha ett bra källargolv som är lätt att hålla rent.