Allt inom fastigheten är fastighethetsägarens ansvar. Att det ska finnas en lucka tillgänglig för kommunens inspektion låter långsökt och regleras i så fall genom kommunens VA-avtal eller ett servitut. Något som du enkelt kan kolla upp.
Det är inget formellt fel att brunnen ligger under marknivå, det gör även vissa av kommunens egna brunnar av praktiska skäl. Men när du ändå har det uppgrävt är det ju smidigt att flytta upp locket till marknivå om du vill.