Hej.
Om jag tolka dig rätt så har arkitekten medvetet inte följt planbestämmelserna i området? Det låter lite som ett "rookie move", har ni haft någon dialog om planens förutsättningar tillsammans, har arkitekten nämnt till er vad som står i planen?
Arkitekten ska självklart påbörja sitt arbete utifrån detaljplanen förutsättningar, om ni inte bett hen att gör något annat. Sen kan men medvetet ibland gör avsteg och prova detta mot kommunen ifall dom kan se det som en mindre avvikelse. Detta är dock något arkitekten behöver kommunicera mot beställaren, då man tar en lite risk att få bakslag på vägen, man bör även ha en plan för vad man göra om det inte går igenom, inte bara genom att överklaga.
Överklaga kan man självklart göra om man vill, men tar bara oftast bara tid och är stökigt. Ofta går det snabbare att justera och söka om med något som funkar.
Att man inte får bygglovet godkänt direkt på ett inlämnat bygglov är dock inte helt ovanligt. Ibland behöver man justera flera gången och anpassa förslaget, dvs några mindre nya vändor och ibland större vändor, för att får det hela landa rätt och blir godkänt.
Det viktigaste är att arkitekten håller en kontinuerlig kontakt /dialog med den tilldelade handläggaren och diskuterar ev problem, så att man hinner komplettera och hantera ev problem eller ibalnd dra tillbaka lovet innan det går till ett nej beslut i onödan.
Att ni betalat 90 000kr för skissförslag som sedan tagit fram till en inlämnad och klar bygglovshandling låter helt rimligt och helt normalt enligt priser branschen. Det är där ofta däromkring man hamnar lite beroende av storlek och komplexitet såklart.
Utöver det förekommer oftast även ett löpande arvode eller separat senare offert för dialog med handläggare och ev ändringar/justeringar som man behöver göra efter en inlämnad handling, då det är svårt uppskatta hur många vändor som krävs innan man lämnat i en handling om man åker på motstånd hos kommunen eller grannarna etc.
Kan huset justeras enkelt eller faller hela gestaltningen på placeringen och taklutningen? En altan med viss höjd kan absolut kräva dispens ifrån strandskyddet och borde arkitekten veta eller fråga handläggaren/kommunen.
I ert fall tycker jag att ni ska kräva av er arkitekten att rättar till det som inte är planenligt förutsatt om ni inte pushat eller beställt / accepterat något annat.
Då ska det göras inom den kostnad dom offererat till er ifrån början.
Om ni själv istället velat att driva ett ej planenligt förslag, så får ni helt enkelt gör en ny beställning av er arkitekt göra om förslaget, så att det följer planen.
Lycka till!